لم تتغير هيكلة برنامج ماجستير الفقه وأصوله كثيرا كما هو الحال في البرامج الأخرى، إنما جرت بعض التعديلات للارتقاء بالبرنامج أكثر، وذلك لتحقيق الأهداف الآتية:
- تحسين المحتوى العلمي للمقررات
 - تحقيق مزيد من المرونة في هيكل البرنامج
 - تحقيق الانفتاح على البرامج الأخرى في الكلية والجامعة
 - تحقيق الفعالية في استعمال الموارد
 - تخفيف عبء مقرر دراسي عن الطالب ليتفرغ أكثر لمقرر الرسالة
 
الأهداف التعليمية
- مساعدة الطالب على وصل القديم في التراث الفقهي والأصولي بالواقع المعاصر بحيث يتمكّن من إعمال مصادر التشريع الإسلامي في معالجة المستجدات والنوازل.
 - تنمية مَلَكة الطالب في الفقه والأصول بما يضمن تمكينه من التحليل والنقد والاستنتاج والمقارنة والترجيح.
 - الإسهام في إجراء البحوث لتقديم الحلول العملية للقضايا المعاصرة ذات الصلة بمجالات العلوم الشرعية الفقهية والأصولية.
 - تقديم كفاءات عالية التأهيل علميا وأكاديميا للوفاء بمتطلبات المجتمع القطري والسوق المحلي في مجالات القضاء، والإفتاء، والأسرة، والتعليم الشرعي، والصيرفة الإسلامية، ومؤسسات الزكاة، والأوقاف، والعمل الخيري وغيرها.
 
مخرجات البرنامج:
- يبيّن الأحكام الفقهية التي تجمع بين الأصالة والمعاصرة في ضوء كليات الشريعة.
 - ينجز أبحاثا وفق المنهج العلمي في مجالات الفقه وأصوله.
 - يقارن بين التشريعات الإسلامية والأنظمة الوضعية.
 - يقترح حلولا شرعية مناسبة في القضايا الاجتماعية والاقتصادية والسياسية.
 - يجيد التعامل مع المصادر الأصليّة فهمًا ونقدًا وتنزيلًا.
 - يحسن التعامل مع النص الشرعي فهمًا واستدلالًا وتنزيلًا.